12岁男孩半夜起来乱跑可能是作息不规律、缺钙、小儿抽动秽语综合征、焦虑症、睡眠行走等原因引起的，可以根据原因进行针对性处理。具体分析如下：

1.作息不规律：男孩正处于身体快速发育的时期，如果长期无法发泄体力、精力，过剩的体力和精力会导致作息习惯的不规律，身体无法保持正常的休息，可能会出现身体不适的症状。通常需要调整作息习惯，保持适当的运动，避免长时间熬夜。

2.缺钙：男孩饮食上偏食，较少摄入钙成分，会影响孩子骨骼的生长发育，还可能伴随着肌肉痉挛、多汗等异常情况。家长可以在医生的指导下给男孩服用碳酸钙D3片、葡萄糖酸钙口服溶液等药物缓解症状。

3.小儿抽动秽语综合征：一般是遗传、神经异常等情况导致的，常表现为不自主、突发的一些动作。家长可以及时带男孩接受心理治疗，可以消除其自卑感，增强其治疗的信心。

4.焦虑症：男孩在遇到惊吓会产生应激反应，会有焦虑情绪，并表现为逃避或依恋的行为，会出现半夜乱跑的情况。建议家长给男孩稳定、舒适的环境，必要时需要遵医嘱给男孩使用复方地西泮片、艾司唑仑片等药物治疗。

5.睡眠行走：该疾病是一种常见的睡眠障碍，男孩会在睡眠期间离床行走，甚至迅速离床奔跑。家长可遵医嘱给男孩使用盐酸氯米帕明片、盐酸阿米替林片等药物进行治疗，可以有效缓解该症状。

如果上述不适症状一直未缓解，建议及时到医院进行检查，明确病因后进行针对性治疗，以免耽误病情。