三个月宝宝睡觉揉眼睛摇头可能是生理因素、缺钙、过敏、湿疹、毛囊炎等原因所造成，家长需要通过生活干预、日常调理、口服药物的方法为其改善。

1、生理因素：在成长的过程中可能伴随着多样的变化，比如揉眼睛以及摇头，如果没有出现异常表现时，一般不用进行特殊治疗。

2、缺钙：经常挑食会导致缺钙的情况，宝宝容易有神经过于兴奋的表现，可能引起上述不适。家长可以让宝宝摄入含钙量高的奶粉，添加辅食后，还可以适当让宝宝吃鸡蛋、大豆等食物进行补钙。

3、过敏：一般是受到过敏原的刺激所造成，会伴随着皮肤瘙痒、红肿，容易导致上述情况。家长不宜盲目给宝宝用药，此时需让宝宝远离过敏原，并按时为宝宝清洁皮肤。

4、湿疹：长时间处于阴暗潮湿的环境中容易引起湿疹，会导致瘙痒的表现，从而引起上述不适。家长需要遵医嘱使用炉甘石洗剂、复方酮康唑乳膏等药物为宝宝治疗。

5、毛囊炎：如果局部清洁护理不到位的情况下，可能导致毛囊部位出现感染，容易引起多种不适，宝宝可能有上述表现。家长可以在医生指导下使用红霉素软膏，莫匹罗星软膏等药物为宝宝缓解不适。

如果宝宝的不适没有得到改善，家长应及时带其就诊，必要时遵医嘱为其治疗。