一般来说，过量服用吲哚美辛会引起瞌睡、眼花、重度头痛、精神错乱、感觉异常(Paresthesia)、肢体麻痹、反胃和呕吐，而严重的胃肠出血也有可能发生。脑水肿、心脏骤停(CA)这些致命后果也曾出现在儿童身上。
由于吲哚美辛对胃肠道刺激比较大，因此制成吲哚美辛肠溶片之后，药物在肠内缓释，可大大减少对消化道的刺激。为减少罹患消化性溃疡的几率，应遵医嘱在达到治疗效果的最低剂量下使用，且应于饭后服用。同时服用抗消化性溃疡药，也可防治此病。其他普遍的胃肠并发症，包括消化不良、胃灼热和轻度腹泻并不算太严重，极少情况下才需要停用吲哚美辛。
吲哚美辛也会降低血浆肾素活性(PRA)及醛甾酮(Aldosterone)水平，同时会抑制Na+和K+离子排出，也会增强抗利尿激素的作用，这几种作用会共同导致以下后果：
1、水肿(体液过多引起)
2、高钾血症
3、高钠血症
4、高血压
药品也会引起血清肌氨酸酐上升和更严重的肾脏损害，如急性肾衰竭、慢性肾炎和肾病综合症，而这些病症的早期症状是水肿和高钾血症。
此外，吲哚美辛常会造成头痛(总用药人数的10-20%)，有时伴有眩晕、眼花、听力损失、耳鸣、颈性视力障碍(视网膜感光与否均有可能)，以及加重帕金森氏症、癫痫和精神病性障碍的病情。危及生命的休克(症状包括血管性水肿、出汗、重度低血压、心动过速和急性支气管痉挛)、重型肝炎和重度骨髓损伤也曾出现在医疗报告中。皮肤的光过敏反应也是可能存在的副作用。
吲哚美辛解热作用强，可能会使严重感染的临床病程变得不明确。
由于吲哚美辛有多种严重的副作用，并且现在有耐药性更好的药品可以使用，现在吲哚美辛一般不是治疗的首选药品。目前，吲哚美辛是治疗急性痛风和痛经的公认药物，因为治疗所需延续时间仅为几天，这样就不易产生严重的副作用。
